1．本罪与武装叛乱、暴乱罪的界限
武装叛乱、暴乱罪是指采取武装对抗的形式，反叛国家和政府进行对抗的行为。在策划、组织、煽动群众暴力阻碍武装部队的军事行动中，与国家和政府进行公开的武力对抗的，其行为则同时触犯了武装叛乱、暴乱罪和阻碍军事行动罪，属于想象竞合犯，应当按照从一重罪处断的原则，以武装叛乱、暴乱罪论处。如果仅仅是策划、组织、煽动群众用非暴力的手段阻碍武装部队的军事行动的，并且造成严重后果的，则只能以本罪论处。但是，行为人在阻碍武装部队的军事行动的过程中，策划、胁迫、勾引、收买武装部队人员、人民警察、民兵进行武装叛乱或者武装暴乱的，其行为则分别构成本罪和武装叛乱、暴乱罪，应当进行数罪并罚。
2．本罪与阻碍军人执行职务罪的界限
两者的区别主要在于：
（1）侵犯的客体和对象不同。本罪侵害的客体是武装部队的军事行动；而阻碍军人执行职务罪侵害的客体是国防秩序与军人的人身权利。本罪的犯罪主要是军人但不限于军人；而阻碍军人执行职务罪的犯罪对象仅限于军人。
（2）犯罪的客观方面不完全相同。本罪的客观方面表现为，阻碍武装部队的军事行动，造成严重后果的行为；而阻碍军人执行职务罪的客观方面表现为，以暴力、威胁方法阻碍军人依法执行职务的行为。具体来讲，本罪属于结果犯，后者属于行为犯；本罪以暴力、威胁方法为手段要件，后罪则对犯罪手段没有任何要求，无论任何手段只要对军事行动具有阻碍作用即可。
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